1938–1945 Období 2. světové války

Nejtíživější byl v roce 1938 nástup fašismu v Německu. Mnoho dosavadních zaměstnanců bylo pensionováno, mezi nimi i tehdejší ředitel dr. Janeček. Dalšími řediteli byli postupně jmenováni: dr. Malý, dr. Honzík, dr. Říha a dr. Pospíšil. Druhá světová válka zhoršila zdravotní stav obyvatelstva a nárůst tuberkulózy byl obrovský. Ročně nově onemocnělo přibližně 3 000 dětí. Léčebna využívala všech svých kapacitních možností.

V té době měla 905 lůžek. V roce 1942 byla dokončena stavba posledního léčebného pavilónu – dnešního pavilónu G.

V témže roce dostalo ředitelství ústavu nařízení uvolnit jeden pavilón pro léčbu německých dětí nemocných tuberkulózou. Až do odsunu Němců z českého území v roce l945 byly tyto děti umístěny v pavilónu D.